Logo no início da série (mais precisamente na primeira missão do Time Sete fora do País do Fogo), surgem as primeiras informações sobre clãs e linhagens avançadas (Kekkei Genkai). No mundo de Naruto, algumas técnicas secretas e/ou características genéticas são passadas de geração a geração através dos clãs – e muitos países com força militar ninja são julgados de acordo com a qualidade e fama desses clãs. O clã Hyuuga e o clã Uchiha de Konohagakure, por exemplo, são mundialmente conhecidos e temidos, aumentando a já inflamada moral do País do Fogo.
Resumo: O clã Aburame é um dos muitos que fazem parte da Vila da Folha e sua habilidade característica é a manipulação de insetos.
Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Aburame Shino, Aburame Shibi, Aburame Gen
Técnicas Exclusivas: Kikaichuu no Jutsu
O clã Aburame é um dos muitos que fazem parte da Vila da Folha e sua habilidade característica é a manipulação de insetos. Os membros deste clã vivem em simbiose com esses bichos, que se alimentam do chakra do ninja e habitam seu corpo dentro de vários orifícios espalhados estrategicamente pelo organismo; em troca, os insetos obedecem a todas as ordens de seu mestre, sendo usados de toda e qualquer forma durante uma batalha ou missão: servem como “espiões”, defesa, matéria para bunshins (clones) e, é claro, ataque.
Muito pouco se sabe sobre essa família além do que já foi mencionado e seus membros conhecidos são bastante introspectivos.

AKIMICHI
Resumo: Outro clã da Vila da Folha, os Akimichi usam sua notável massa corporal para lutar.
Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Akimichi Chouji, Akimichi Chouza
Técnicas Exclusivas: Baika no Jutsu, Pílulas do Clã Akimichi
Outro clã da Vila da Folha, os Akimichi usam sua notável massa corporal para lutar. A maioria de suas técnicas envolve modificar o tamanho do corpo e aumentar ainda mais o próprio peso a fim de infligir os maiores danos possíveis: a técnica mais conhecida e usada por Chouji é o Baika no Jutsu, onde ele aumenta o corpo até ficar numa forma esférica e esmaga o inimigo como uma bola gigante de carne.
Esse clã também possui um conjunto de três pílulas exclusivas que permite o aproveitamento total de sua generosa massa corporal – no entanto, o uso da terceira pílula causa danos quase irreversíveis ao usuário, ocasionando a morte.
Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Akimichi Chouji, Akimichi Chouza
Técnicas Exclusivas: Baika no Jutsu, Pílulas do Clã Akimichi

Esse clã também possui um conjunto de três pílulas exclusivas que permite o aproveitamento total de sua generosa massa corporal – no entanto, o uso da terceira pílula causa danos quase irreversíveis ao usuário, ocasionando a morte.
CLÃ DO HAKU
Resumo: Originado no País da Água, esse clã tinha a incrível habilidade de criar gelo (Hyuuton), combinando os chakras naturais Fuuton (Vento) e Suiton (Água).
Origem: Kirigakure no Sato (Vila Oculta da Névoa)
Membros conhecidos: Haku e a mãe dele
Técnicas Exclusivas: Makyou Hyoushou, Hyuuton

Esse clã foi caçado e perseguido por ser uma arma muito poderosa nas batalhas ninjas – o povo do País da Água culpava os clãs com linhagem avançada pelas guerras e problemas econômicos, e por isso pessoas com kekkei genkai eram eliminadas. Aparentemente, Haku era o último membro vivo de seu clã, mas a extinção dessa linhagem não foi confirmada.
FUUMA
Resumo: Os membros do clã Fuuma possuem uma técnica única de linhas de chakra que só pode ser desfeita por eles próprios.
Origem: País do Arroz
Membros conhecidos: Fuuma Arashi, Fuuma Hanzaki, Fuuma Sasame, Fuuma Jigumo, Fuuma Kagerou, Fuuma Kamakiri
Técnicas Exclusivas: Chakra no Ito

Os membros do clã Fuuma possuem uma técnica única de linhas de chakra que só pode ser desfeita por eles próprios.
HYUUGA
Resumo: Todos os membros do clã Hyuuga são facilmente reconhecidos graças aos olhos brancos e sem pupila.
Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Hyuuga Neji, Hyuuga Hinata, Hyuuga Hizashi, Hyuuga Hiashi, Hyuuga Hanabi
Técnicas Exclusivas: Byakugan (Doujutsu/ Kekkei Genkai), Jyuuken

O Byakugan é um doujutsu que, quando ativado, aumenta a amplitude e profundidade da visão de seu usuário. Os Hyuuga têm um ângulo de visão de quase 360° e, se desenvolverem bastante esta técnica, podem até mesmo ver através de grandes distâncias, ignorando paredes, rochas, montanhas ou o que quer que esteja no caminho. Também podem ver os tenketsus (pontos no corpo que funcionam como uma “encruzilhada” de chakra) dos adversários, e usam o Jyuken para fechar ou danificar esses pontos.
A história dessa família é escancarada durante o Chuunin Shiken, na primeira fase do anime. Hyuuga Neji conta, durante sua batalha contra Uzumaki Naruto, que seu clã é dividido em duas partes: a Souke (Família Principal) e a Bunke(Família Secundária). Aos membros da Bunke são obrigados a obedecer e proteger a Souke e, como garantia disso, recebem um selo na testa (Juin Jutsu). Esse selo evita que o Byakugan possa ser estudado por ninjas inimigos no caso de matarem ou capturarem um membro da Bunke, e também permite que os membros da Souke possam infligir medo, dor ou até mesmo matar algum parente da família secundária que ouse ser desobediente.
Curiosidade: O Juin Jutsu que sela os membros da Bunke tem, no design do mangá, uma suástica no centro. A suástica era um símbolo de sorte e proteção muito antes dos Nazistas utilizarem-na como slogan, e também está presente nas imagens de Buda, simbolizando sua mente e seu coração. No entanto, esse símbolo foi alterado na versão animada da série, para se desvincular de qualquer influência nazista.
INUZUKA
Resumo: A característica mais relevante desse clã de Konoha é que seus membros sempre lutam em conjunto com familiares caninos.
Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Inuzuka Kiba, Inuzuka Tsume, Inuzuka Hana
Técnicas Exclusivas: Shikyaku no Jutsu, entre outras técnicas realizadas em conjunto com os cães

A característica mais relevante desse clã de Konoha é que seus membros sempre lutam em conjunto com familiares caninos. Podem atacar separadamente ou fundir os corpos. O membro mais conhecido do clã, que é Inuzuka Kiba, tem apenas um cachorro como companheiro, mas outros membros da família (como a irmã mais velha de Kiba, Hana) têm mais de um familiar.
Os cães dos Inuzuka são bastante úteis: têm faro e audições tão aguçados que podem até mesmo sentir chakra. E apesar de não terem nenhuma kekkei genkai propriamente dita, os membros humanos desse clã podem vir a ter algum sentido canino muito desenvolvido, como o olfato ou a audição (emNaruto: Shippuuden , Kiba consegue farejar um cheiro a quilômetros de distância).
KAGUYA
Resumo: Pouco se sabe desse clã além de sua fama de serem agressivos e violentos, verdadeiros amantes da guerra.

Origem: Kirigakure no Sato (Vila Oculta da Névoa)
Membros conhecidos: Kaguya Kimimaro
Técnicas Exclusivas: Shikotsumyaku (Kekkei Genkai), e seus derivados
Pouco se sabe desse clã além de sua fama de serem agressivos e violentos, verdadeiros amantes da guerra. Por causa dessa propensão a batalhas, o clã Kaguya tentou subjugar a Kirigakure e acabou sendo extinto. O único sobrevivente dessa chacina foi Kimimaro, que morreu anos depois sob o comando de Orochimaru.
A linhagem avançada desse clã, o Shikotsumyaku, permite que seus membros sejam capazes de controlar toda a estrutura óssea do corpo e adaptá-la para combate.

Origem: Kirigakure no Sato (Vila Oculta da Névoa)
Membros conhecidos: Kaguya Kimimaro
Técnicas Exclusivas: Shikotsumyaku (Kekkei Genkai), e seus derivados
Pouco se sabe desse clã além de sua fama de serem agressivos e violentos, verdadeiros amantes da guerra. Por causa dessa propensão a batalhas, o clã Kaguya tentou subjugar a Kirigakure e acabou sendo extinto. O único sobrevivente dessa chacina foi Kimimaro, que morreu anos depois sob o comando de Orochimaru.
A linhagem avançada desse clã, o Shikotsumyaku, permite que seus membros sejam capazes de controlar toda a estrutura óssea do corpo e adaptá-la para combate.
KAMIZURU
Resumo: O clã Kamizuru costumava ser importante na Vila Oculta da Pedra, e faziam parte da frente de batalha contra Konoha durante as guerras ninja.

Origem: Iwagakure no Sato (Vila Oculta da Pedra)
Membros conhecidos: Kamizuru Jibachi, Kamizuru Kurobachi, Kamizuru Suzumebachi
Técnicas Exclusivas: Manipulação de abelhas
O clã Kamizuru costumava ser importante na Vila Oculta da Pedra, e faziam parte da frente de batalha contra Konoha durante as guerras ninjas. No entanto, seu ataque foi frustrado pelo clã Aburame, e eles nunca sequer chegaram à Vila da Folha – centenas de ninjas de Iwa morreram nessa batalha, e os Kamizuru caíram em desgraça.
Na saga filler dos episódios 148 a 151, três membros dessa família tentam capturar um Bikouchuu para obterem novamente a antiga glória do clã.

Origem: Iwagakure no Sato (Vila Oculta da Pedra)
Membros conhecidos: Kamizuru Jibachi, Kamizuru Kurobachi, Kamizuru Suzumebachi
Técnicas Exclusivas: Manipulação de abelhas
O clã Kamizuru costumava ser importante na Vila Oculta da Pedra, e faziam parte da frente de batalha contra Konoha durante as guerras ninjas. No entanto, seu ataque foi frustrado pelo clã Aburame, e eles nunca sequer chegaram à Vila da Folha – centenas de ninjas de Iwa morreram nessa batalha, e os Kamizuru caíram em desgraça.
Na saga filler dos episódios 148 a 151, três membros dessa família tentam capturar um Bikouchuu para obterem novamente a antiga glória do clã.
NARA
Resumo: Os Nara são capazes de manipular sombra e utilizar essa habilidade a seu favor durante um combate.

Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Nara Shikamaru, Nara Shikaku, Nara Yoshino
Técnicas Exclusivas: Manipulação de Sombra (Kage)
Os Nara são capazes de manipular sombra e utilizar essa habilidade a seu favor durante um combate. Podem controlar tanto a própria sombra como a sombra do adversário ou de qualquer outro objeto presente no cenário. Apesar de ser um estilo de luta bastante versátil, precisa de certas condições para ser eficiente e requer estratégia para ser utilizado.
Os membros dessa família são os guardiões de uma floresta de cervos no País do Fogo.

Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Nara Shikamaru, Nara Shikaku, Nara Yoshino
Técnicas Exclusivas: Manipulação de Sombra (Kage)
Os Nara são capazes de manipular sombra e utilizar essa habilidade a seu favor durante um combate. Podem controlar tanto a própria sombra como a sombra do adversário ou de qualquer outro objeto presente no cenário. Apesar de ser um estilo de luta bastante versátil, precisa de certas condições para ser eficiente e requer estratégia para ser utilizado.
Os membros dessa família são os guardiões de uma floresta de cervos no País do Fogo.
UCHIHA
Resumo: Um dos clãs fundadores de Konoha, juntamente ao clã Hyuuga, do qual os Uchiha supostamente decendem.
Origem: Konohagakure no Sato
Membros conhecidos: Uchiha Sasuke, Uchiha Obito, Uchiha Itachi, Uchiha Madara, Uchiha Izuna, Uchiha Mikoto, Uchiha Fugaku, Uchiha Shisui, Uchiha Inabi, Uchiha Tekka, Uchiha Teyaki, Uchiha Uruchi, Uchiha Yahiro
Técnicas Exclusivas: Sharingan (Doujutsu), Magenkyou Sharingan (Doujutsu) e jutsus derivados
Um dos clãs fundadores de Konoha, juntamente ao clã Hyuuga, do qual os Uchiha supostamente decendem (é possível ver a semelhança entre os membros de ambos os clãs: os Hyuuga e os Uchiha têm cabelos escuros característicos, e a kekkei genkai dos dois se manifesta na forma de Doujutsu). Seu patriarca e fundador é Uchiha Madara, que era um grande rival do Shodai Hokage. {Spoiler} No mangá, o líder da Akatsuki, Pain, se refere a Tobi como Madara; um close no orifício da máscara de Tobi mostrou que ele tem um Sharingan, e o próprio ninja diz ser o antigo patriarca do clã Uchiha. {Spoiler}
Os Uchiha costumavam ocupar grande parte dos cargos da Konoha Keimu Butai ( 木ノ葉警務部隊 , Polícia Militar de Konoha ), responsáveis pela ordem interna da vila. O emblema dessa organização é uma shuriken contendo o símbolo do clã justamente porque foram os Uchiha que a criaram. No entanto, Uchiha Itachi chacinou o clã inteiro em uma noite, poupando apenas a vida de seu irmão mais novo, Sasuke.
{Spoiler} Presume-se que, além desses dois, exista mais um Uchiha ainda vivo, que seria Uchiha Madara/Tobi {Spoiler}
A kekkei genkai desse clã é um doujutsu – o Sharingan. Essa técnica ocular não é aparente e só é ativada pela vontade, e possui quatro estágios conhecidos:
Sharingan com Um Tomoe: primeiro, o olho normal, com pupila, íris e esclera, muda a cor da pupila para vermelho e adquire um ponto em forma de vírgula (tomoe). Quando Uchiha Sasuke ativou seu Sharingan pela primeira vez, o olho esquerdo tomou essa forma.
{Spoiler} Na realidade, a primeira vez em que Uchiha Sasuke despertou o doujutsu foi logo após o massacre da família. Nesse dia, ambos os olhos possuiam apenas uma tomoe, mas o rapaz não lembrava disso até após sua luta final contra Itachi {Spoiler}
Sharingan com Dois Tomoe: ainda parcialmente desenvolvido, o Sharingan apresenta dois pontos em forma de vírgula (tomoe). Quando Uchiha Sasuke ativou o seu Doujutsu pela primeira vez, o olho direito tomou essa forma.
Sharingan com Três Tomoe: é a forma final de uma Sharingan completamente desenvolvido. Possui três pontos em forma de vírgula (tomoe). Nesse estágio, o usuário pode ler Taijutsu, Ninjutsu e Genjutsu, copiar técnicas e reutilizá-las. Também pode usar Genjutsus de forma instantânea através de contato ocular, e iniciar o Magenkyou Sharingan.
Magenkyou Sharingan: é a forma mais poderosa do Doujutsu do clã Uchiha. Apesar de a pupila continuar vermelha, as sohma desaparecem e dão lugar a uma “estrela” de três pontas semelhante a uma shuriken. Durante a série foram apresentadas quatro formas de Magenkyou Sharingan - uma incompleta, quando Uchiha Sasuke vislumbra o doujutsu nos olhos de Itachi pela primeira vez; a completa de Uchiha Itachi (que com ela usa os jutsus Tsukuyomi e Amaterasu); e a alternativa usada por Hatake Kakashi, que não tem sangue Uchiha, mas conseguiu alcançar esse doujutsu com o Sharingan implantado no seu olho esquerdo (com esse Magenkyou Sharingan, Kakashi é capaz de criar uma distorção de dimensão semelhante a um buraco negro, chamado "Kamui"); {Spoiler} a versão de Uchiha Madara; a versão de Uchiha Izuna, irmão mais novo de Madara; e o Mangenkyou Sharingan de Uchiha Sasuke, que tem o formato exótico de uma lótus (fugindo ao padrão de "três pontas" que todos os outros pareciam seguir). Além desses, existe o Fuumetsu Mangenkyou Sharingan (Mangenkyou Sharingan Eterno). Apenas Uchiha Madara obteve esse estágio do doujutsu, após arrancar os olhos de Izuna{Spoiler}
.
Uchiha Itachi explica para seu irmão, Sasuke, que para obter o Mangekyou Sharingan é necessário “matar o melhor amigo”.
Origem: Konohagakure no Sato
Membros conhecidos: Uchiha Sasuke, Uchiha Obito, Uchiha Itachi, Uchiha Madara, Uchiha Izuna, Uchiha Mikoto, Uchiha Fugaku, Uchiha Shisui, Uchiha Inabi, Uchiha Tekka, Uchiha Teyaki, Uchiha Uruchi, Uchiha Yahiro
Técnicas Exclusivas: Sharingan (Doujutsu), Magenkyou Sharingan (Doujutsu) e jutsus derivados

Os Uchiha costumavam ocupar grande parte dos cargos da Konoha Keimu Butai ( 木ノ葉警務部隊 , Polícia Militar de Konoha ), responsáveis pela ordem interna da vila. O emblema dessa organização é uma shuriken contendo o símbolo do clã justamente porque foram os Uchiha que a criaram. No entanto, Uchiha Itachi chacinou o clã inteiro em uma noite, poupando apenas a vida de seu irmão mais novo, Sasuke.
{Spoiler} Presume-se que, além desses dois, exista mais um Uchiha ainda vivo, que seria Uchiha Madara/Tobi {Spoiler}
A kekkei genkai desse clã é um doujutsu – o Sharingan. Essa técnica ocular não é aparente e só é ativada pela vontade, e possui quatro estágios conhecidos:
Sharingan com Um Tomoe: primeiro, o olho normal, com pupila, íris e esclera, muda a cor da pupila para vermelho e adquire um ponto em forma de vírgula (tomoe). Quando Uchiha Sasuke ativou seu Sharingan pela primeira vez, o olho esquerdo tomou essa forma.
{Spoiler} Na realidade, a primeira vez em que Uchiha Sasuke despertou o doujutsu foi logo após o massacre da família. Nesse dia, ambos os olhos possuiam apenas uma tomoe, mas o rapaz não lembrava disso até após sua luta final contra Itachi {Spoiler}
Sharingan com Dois Tomoe: ainda parcialmente desenvolvido, o Sharingan apresenta dois pontos em forma de vírgula (tomoe). Quando Uchiha Sasuke ativou o seu Doujutsu pela primeira vez, o olho direito tomou essa forma.
Sharingan com Três Tomoe: é a forma final de uma Sharingan completamente desenvolvido. Possui três pontos em forma de vírgula (tomoe). Nesse estágio, o usuário pode ler Taijutsu, Ninjutsu e Genjutsu, copiar técnicas e reutilizá-las. Também pode usar Genjutsus de forma instantânea através de contato ocular, e iniciar o Magenkyou Sharingan.
Magenkyou Sharingan: é a forma mais poderosa do Doujutsu do clã Uchiha. Apesar de a pupila continuar vermelha, as sohma desaparecem e dão lugar a uma “estrela” de três pontas semelhante a uma shuriken. Durante a série foram apresentadas quatro formas de Magenkyou Sharingan - uma incompleta, quando Uchiha Sasuke vislumbra o doujutsu nos olhos de Itachi pela primeira vez; a completa de Uchiha Itachi (que com ela usa os jutsus Tsukuyomi e Amaterasu); e a alternativa usada por Hatake Kakashi, que não tem sangue Uchiha, mas conseguiu alcançar esse doujutsu com o Sharingan implantado no seu olho esquerdo (com esse Magenkyou Sharingan, Kakashi é capaz de criar uma distorção de dimensão semelhante a um buraco negro, chamado "Kamui"); {Spoiler} a versão de Uchiha Madara; a versão de Uchiha Izuna, irmão mais novo de Madara; e o Mangenkyou Sharingan de Uchiha Sasuke, que tem o formato exótico de uma lótus (fugindo ao padrão de "três pontas" que todos os outros pareciam seguir). Além desses, existe o Fuumetsu Mangenkyou Sharingan (Mangenkyou Sharingan Eterno). Apenas Uchiha Madara obteve esse estágio do doujutsu, após arrancar os olhos de Izuna{Spoiler}
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Uchiha Itachi explica para seu irmão, Sasuke, que para obter o Mangekyou Sharingan é necessário “matar o melhor amigo”.
YAMANAKA
Resumo: Os Yamanaka possuem hijutsu bastante interessante e útil: a capacidade de controlar a mente dos adversários.

Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Yamanaka Ino, Yamanaka Inochi
Técnicas Exclusivas: Shintenshin no Jutsu, Shiranshin no Jutsu
Mais um clã pertencente à Konoha, apesar de ser muito pouco explorado ao longo da série. Apesar de não possuírem nenhuma kekkei genkai, os Yamanaka possuem hijutsu bastante interessante e útil: a capacidade de controlar a mente dos adversários. A representante mais ativa dessa família na série, Yamanaka Ino, já mostrou ser capaz transferir a própria consciência para a de outras pessoas (ou animais), e também de controlar os movimentos dos adversários através da mente. Entretanto, a essência das técnicas desse clã vai mais além - o pai de Ino, Yamanaka Inoichi, é capaz de ler mentes sob circunstâncias específicas, e tem uma ligação telepática com a filha. Aparentemente, o potencial dos hijutsus desse clã é mais bem explorado quando há interação com os Nara e os Akimichi.

Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Yamanaka Ino, Yamanaka Inochi
Técnicas Exclusivas: Shintenshin no Jutsu, Shiranshin no Jutsu
Mais um clã pertencente à Konoha, apesar de ser muito pouco explorado ao longo da série. Apesar de não possuírem nenhuma kekkei genkai, os Yamanaka possuem hijutsu bastante interessante e útil: a capacidade de controlar a mente dos adversários. A representante mais ativa dessa família na série, Yamanaka Ino, já mostrou ser capaz transferir a própria consciência para a de outras pessoas (ou animais), e também de controlar os movimentos dos adversários através da mente. Entretanto, a essência das técnicas desse clã vai mais além - o pai de Ino, Yamanaka Inoichi, é capaz de ler mentes sob circunstâncias específicas, e tem uma ligação telepática com a filha. Aparentemente, o potencial dos hijutsus desse clã é mais bem explorado quando há interação com os Nara e os Akimichi.
OUTROS
Alguns outros personagens de Naruto também apresentam linhagens avançadas que provavelmente derivam de clãs.
São exemplos disso a fusão de corpos de Sakon e Ukon, o Mokuton Ninjutsu do Shodai Hokage, as características aracnídeas de Kidoumaru, a capacidade de se tornar água de Suigetsu, a habilidade de sentir chakra de Karin e a origem do “Selo Amaldiçoado” em Juugo, fora outros personagens de filmes e fillers. No entanto, não há nenhuma informação ligando esses casos a clãs específicos, ou classificando-os como habilidades individuais.
São exemplos disso a fusão de corpos de Sakon e Ukon, o Mokuton Ninjutsu do Shodai Hokage, as características aracnídeas de Kidoumaru, a capacidade de se tornar água de Suigetsu, a habilidade de sentir chakra de Karin e a origem do “Selo Amaldiçoado” em Juugo, fora outros personagens de filmes e fillers. No entanto, não há nenhuma informação ligando esses casos a clãs específicos, ou classificando-os como habilidades individuais.
O clã que eu mais gosto é curto é o Uchiha, alem do mais ele é o mais poderoso, porque pensa. Depois da morte do Minato(quarto hokage) o mais forte virou o Madara(Uchiha) o Itachi tambem é muito poderoso, tanto que é até da Akatsuk e eliminou todo seu clã. o Sasuke, é tão poderoso que mata até o Itachi. Esses são os mais fortes do clã. Vocês so se esqueceram do clã Uzumaky(O clã do naruto) que tambem é muito forte, pois possui a ex-jinchurike da nove-caudas, o Minato(quarto hokage) e o Naruto, que tambem se torna um Hokage
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